JR奈良線は京都から奈良までの21駅です。そのうち9駅で他の路線に乗り換えられます。伏見稲荷大社の最寄り駅は稲荷駅です。
| 順 | 駅 | 乗り換え |
|---|---|---|
| 1 | 京都 | JR京都線・東海道新幹線・JR山陰本線・近鉄京都線・JR琵琶湖線・京都市営地下鉄烏丸線・JR山陰本線(京都〜鳥取) |
| 2 | 東福寺 | 京阪本線 |
| 3 | 稲荷 | |
| 4 | JR藤森 | |
| 5 | 桃山 | |
| 6 | 六地蔵 | 京阪宇治線・京都市営地下鉄東西線 |
| 7 | 木幡 | 京阪宇治線 |
| 8 | 黄檗 | 京阪宇治線 |
| 9 | 宇治 | 京阪宇治線 |
| 10 | JR小倉 | |
| 11 | 新田 | |
| 12 | 城陽 | |
| 13 | 長池 | |
| 14 | 山城青谷 | |
| 15 | 山城多賀 | JR学研都市線 |
| 16 | 玉水 | JR学研都市線 |
| 17 | 棚倉 | JR学研都市線 |
| 18 | 上狛 | JR学研都市線 |
| 19 | 木津 | JR大和路線・JR学研都市線 |
| 20 | 平城山 | |
| 21 | 奈良 | JR大和路線・JR桜井線(万葉まほろば線) |
路線データ上、直通運転の登録はありません。